Tài nguyên đất:

Thành phố Phủ Lý có tiềm năng đất xây dựng khá lớn. Ngoài một số đất nông nghiệp kém hiệu quả có thể chuyển sang mục đích xây dựng, Phủ Lý còn khả năng mở rộng hàng trăm ha đất xây dựng ở các xã Phù Vân, Châu Sơn, Thanh Châu và một số khu vực dọc đường quốc lộ 1A, đường 21... Đây là nguồn lực rất quan trọng để Phủ Lý đẩy nhanh tốc độ đô thị hóa và phát triển kinh tế theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa. Đất nông nghiệp của Phủ Lý tuy không nhiều, nhưng có chất lượng tốt và còn nhiều khả năng thâm canh tăng vụ, tạo điều kiện để chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi theo hướng sản xuất hàng hóa.

Tài nguyên nước:

Nằm ở ngã ba sông Đáy, sông Nhuệ, sông Châu Giang và có nhiều ao, hồ nên Phủ Lý có nguồn nước mặt dồi dào, là điều kiện thuận lợi cho phát triển kinh tế và dân sinh. Tuy nhiên, do lưu lượng dòng chảy dao động lớn nên việc khai thác sử dụng gặp nhiều khó khăn.Ngoài ra, Phủ Lý nằm ở hạ lưu nên nguồn nước có nguy cơ dễ bị ô nhiễm do sản xuất công nghiệp ở thượng nguồn Hà Nội, Hà Đông,.... Tài nguyên nước ngầm phong phú nhưng chất lượng không cao nên việc khai thác sử dụng bị hạn chế.

Tài nguyên khoáng sản:

Do nằm liền kề khu vực có nguồn vật liệu xây dựng lớn như đá vôi, xi măng Bút Sơn (Kim Bảng), Kiện Khê, Thanh Tân (Thanh Liêm); đá xây dựng Kiện Khê (Thanh Liêm); đất sét sản để xuất xi măng và đất sét để sản xuất gạch ngói Khả Phong, Ba Sao (Kim Bảng) và các nguồn vật liệu xây dựng khác... nên Phủ Lý có nhiều cơ hội tận dụng lợi thế này để phát triển đa dạng các ngành nghề công nghiệp- tiểu thủ công nghiệp ở địa phương.